D'abord, de quoi parle-t-on ?
La réforme comporte deux volets.
- La facture électronique encadre les factures entre entreprises françaises (le « B2B »).
- L'e-reporting transmet à l'administration fiscale les données de vos autres opérations : ventes aux particuliers et encaissements de prestations de service.
Ces échanges passeront par une plateforme agréée, souvent appelée plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) : un opérateur agréé par l'État qui transmet et reçoit vos factures et vos données.
Êtes-vous concerné ? La réponse dépend de vos actes
En tant que professionnel de santé, vous êtes juridiquement assujetti à la TVA. Mais vos actes de soins relevant de la nomenclature (les soins à la personne) sont exonérés de TVA au titre de l'article 261-4 du Code général des impôts.
Conséquence directe : ces actes exonérés ne sont pas concernés par la facturation électronique. Pour cette part de votre activité — c'est-à-dire l'essentiel pour la plupart des praticiens — vous n'avez aucune obligation d'émission de facture électronique ni de déclaration.
En clair : vos consultations et soins habituels, exonérés de TVA, ne vous imposent aucune nouvelle démarche d'émission. C'est le cœur rassurant de cette réforme pour votre profession.
Le cas des actes « hors nomenclature »
La nuance importante concerne les actes hors nomenclature : certains actes non remboursables ou soumis à TVA (esthétique médicale, certaines expertises, ventes de produits, locations…). Là, tout dépend de qui est votre client.
- Votre client est une entreprise française (par exemple une expertise facturée à une société). C'est une opération entre professionnels : vous devez émettre une facture électronique et la transmettre via votre plateforme.
- Votre client est un particulier. Vous n'avez pas l'obligation de créer et d'envoyer une facture électronique, mais vous devez déclarer régulièrement vos recettes (le cumul quotidien de vos ventes) à l'administration via votre plateforme. C'est l'e-reporting des données de transaction. Selon votre logiciel, cette transmission sera automatique ou manuelle.
Un point complémentaire : pour vos prestations de service dont la TVA est due à l'encaissement, vous devrez aussi déclarer le paiement de vos factures, afin de ne pas être redevable de la TVA dès l'émission. C'est l'e-reporting des données de paiement.
Cas particulier fréquent : la redevance de collaboration
Voici une situation que beaucoup de praticiens oublient. Si vous accueillez un collaborateur libéral, la redevance de collaboration que vous lui refacturez (pour la mise à disposition du local, du matériel, du secrétariat, de la patientèle…) n'est pas un acte de soin.
Sur le plan fiscal, cette redevance relève des bénéfices industriels et commerciaux (BIC) et elle est soumise à la TVA. Elle sort donc complètement du régime protecteur de vos actes exonérés.
Conséquence directe : il s'agit d'une opération entre deux professionnels français (vous et votre collaborateur), c'est-à-dire du B2B domestique. Elle entre donc pleinement dans le champ de la facture électronique.
Concrètement, pour cette redevance, vous devrez :
- émettre une facture électronique à votre collaborateur via votre plateforme ;
- en suivre le paiement (indiquer le statut « encaissée »), puisqu'il s'agit d'une prestation de service.
Autrement dit, même si vos soins sont exonérés, la refacturation de la redevance à votre collaborateur vous fait entrer, pour cette opération précise, dans le régime complet de la facturation électronique. C'est souvent le premier — voire le seul — flux électronique que vous aurez à émettre : mieux vaut l'anticiper.
L'obligation à ne surtout pas oublier : recevoir vos factures
Même si vos actes sont exonérés et que vous n'émettez rien électroniquement, il reste une obligation qui s'applique à vous comme à toutes les entreprises.
À partir du 1er septembre 2026, vous devez être en mesure de recevoir vos factures fournisseurs au format électronique, sur une plateforme. Vos fournisseurs (matériel médical, laboratoire, prestataires…) vous adresseront leurs factures par ce canal. Sans plateforme, vous ne pourrez tout simplement plus les recevoir.
Le conseil : privilégiez une seule plateforme, qui sert de « gare de triage » pour recevoir vos factures et, le cas échéant, transmettre les vôtres.
Les deux dates à retenir
- 1er septembre 2026 : toutes les entreprises, y compris votre cabinet, doivent disposer d'une plateforme pour recevoir les factures électroniques. Les grandes entreprises et ETI commencent, elles, à émettre.
- 1er septembre 2027 : généralisation. Vous devez pouvoir émettre vos factures électroniques (pour vos actes concernés) et transmettre vos données à l'administration. Vous recevrez alors toutes vos factures sur votre plateforme.
Un cas pratique : les acomptes
Si vous percevez un acompte pour un acte hors nomenclature, la marche à suivre est précise : vous délivrez d'abord une facture d'acompte indiquant les montants hors taxes et la TVA, puis une facture de solde faisant référence à la facture d'acompte. Un point technique que votre logiciel et votre expert-comptable savent gérer.
Les bénéfices concrets pour votre cabinet
Au-delà de l'obligation, la dématérialisation vous fait gagner sur plusieurs plans.
- Du temps : vos pièces comptables sont transmises automatiquement à votre cabinet, sans ressaisie ni envoi manuel.
- De la simplicité : vos documents sont uniformisés, quel que soit le type de client.
- De la sérénité : conservation et archivage de vos documents au même endroit.
Un chiffre parlant : le traitement d'une facture papier coûte environ 15 € à la réception et 10 € à l'émission, contre à peine 1,50 € pour une facture électronique.
Comment vous préparer
- Identifiez la part exonérée de votre activité (actes de nomenclature) et vos éventuels actes hors nomenclature.
- Choisissez une plateforme pour être en capacité de recevoir vos factures dès septembre 2026.
- Vérifiez votre logiciel de gestion : peut-il générer les factures aux formats normés et le fichier de vos ventes aux particuliers ?
- Anticipez l'échéance de 2027 pour l'émission et l'e-reporting.
- Rapprochez-vous de votre expert-comptable, qui connaît les spécificités des professions de santé.
Ce qu'il faut retenir
Pour l'essentiel de votre activité de soins, exonérée de TVA, la réforme est indolore : aucune obligation d'émission de facture électronique. En revanche, vous devez impérativement pouvoir recevoir vos factures fournisseurs sur une plateforme dès le 1er septembre 2026. Et si vous réalisez des actes hors nomenclature, des obligations d'émission ou de déclaration s'appliquent selon que votre client est un professionnel ou un particulier.
La réforme demande une petite réorganisation, mais elle est parfaitement maîtrisable et vous fera gagner du temps. Votre expert-comptable connaît les spécificités des professions de santé et peut tout mettre en place pour vous, afin que vous vous concentriez sur votre cœur de métier : vos patients. Contactez-nous pour faire le point sur votre cabinet.